En stor del af Sydbrasilien og Uruguay består af en kæmpeplade af gammelt lava. Da lavaen størknede opstod der lommer og hulrum af gasser og luftarter. Det er i disse hulrum ametyst-krystallerne er blevet udfældet gennem millioner af år.
Den violette ametyst farvning skyldes en let urenhed af jern under dannelsen af krystallerne som består af siliciumdioxid. Det samme stof som almindelig klar bjergkrystal.